Thundorf in Unterfranken (amtlich: Thundorf i.UFr.) ist eine Gemeinde im unterfränkischen Landkreis Bad Kissingen und Mitglied der Verwaltungsgemeinschaft Maßbach.
Die ältesten Nachweise für eine frühe Ansiedlung stammen aus Funden, wie Hügelgräbern (um 2.500 v. Chr.) oder den Resten einer einstigen Befestigungsanlage in der nähe des Dorfes. Arnulf von Kärnten zählte Thundorf erstmals in einer Urkunde vom 1. Dezember des Jahres 889 auf. Zuvor wurde es 888 als „Tuomsdorf“ in einer Urkunde/Verfügung Kaiser Karls erwähnt.
Auf dem Burgberg finden sich die Reste von Wall- und Burganlagen, die hier in der Mitte des 12. Jahrhunderts von den Rittern von Thundorf errichtet wurde. In dieser Ganerbenburg lebten 14. und 15. Jahrhundert die Herren von Schaumberg. Als diese Burganlage im Zuge des Bauernaufstandes zerstört wurde, ließen sie 1480 im Tal ein Wasserschloss mit zwei kuppelgekrönten Ecktürmen errichten.
Weitere Bauzeugen dieser Zeit sind die Zehntscheune, der Gartenpavillon, das Brau- und Kelterhaus und das Forsthaus. Die Reformation wurde in Thundorf fast reibungslos eingeführt.
Im Jahr 1676 kam es im Zuge des Dreißigjährigen Krieges zu massiven Plünderungen, so dass die Herren vom Schaumberg ihren Besitz an die Adelsfamilie zu Rosenbach verkauften. Die gesamte Mark Thundorf ging mit Schloss, Untertanen und den Nachbardörfern Rothhausen und Theinfeld in deren Besitz über. Die Rosenbachs setzten einen Verwalter ein, sie selbst wohnten in Würzburg.
Im Jahr 1806 starb das Rosenbachsche Geschlecht aus, und Erzherzog Ferdinand von Toskana zu dessen Lehen Thundorf nun gehörte erklärte das Burggrafentum als vermannt und anheimgefallen. So wurden die rund 700 Morgen Land unter den Bauern aufgeteilt, während 750 Hektar Wald an das Fürstbistum Würzburg übergingen. Das Wasserschloss mit seinen Gütern wurde verkauft. Seit dem Wiener Kongress 1814/15 gehört der Ort zu Bayern.